Bettina Toth wurde in Lauffen am Neckar, einem württembergischen Weinanbaugebiet und Geburtsstadt von Friedrich Hölderlin, geboren und verbrachte dort Ihre Schulzeit und Jugend. Das Medizinstudium absolvierte sie an der Eberhard-Karls Universität Tübingen.
Schon während Ihrer Facharztausbildung an der Frauenklinik der Julius-Maximilians Universität Würzburg bzw. der Ludwig-Maximilians Universität (LMU) München-Großhadern fokussierte sie sich u.a. auf die Themen Kinderwunsch bzw. rezidivierende Aborte und habilitierte sich 2008 an der LMU München. Von Oktober 2009 bis September 2016 war sie stellvertretende Klinikdirektorin der Abteilung für Gyn. Endokrinologie und Fertilitätsstörungen der Ruprechts-Karl Universität Heidelberg. In dieser Zeit entwickelte sie gemeinsam mit Prof. Dr. Udo Markert (Universität Jena) die Diagnostik auf uterine Killerzellen und Plasmazellen.
Seit Oktober 2016 ist Bettina Toth Direktorin der Klinik für Gynäkologische Endokrinologie und Reproduktionsmedizin der Medizinischen Universität Innsbruck.
Ihr wissenschaftlicher Schwerpunkt liegt v.a. im Bereich der Reproduktionsimmunologie mit mehr als 100 Veröffentlichungen in internationalen wissenschaftlichen Zeitschriften. Sie ist Mitglied der Leitlinienkommission der Deutschen Gesellschaft für Gynäkologie und Geburtshilfe (DGGG) und federführend an der Erstellung der Leitlinie für habituelle Aborte beteiligt, sowie in der Leitliniengruppe der ESHRE mit dem Fokus auf rezidivierendes Implantationsversagen (RIF). Zudem hat sie ein Lehrbuch zum Thema „Fehl-, Früh- und Totgeburten“ im Springer Verlag publiziert.